Výstavba Vysoké synagogy spadá do období největšího rozkvětu Židovského města v Praze. Byla postavena za vlády císaře Rudolfa II. roku 1577 a její stavbu financoval, podobně jako většinu tehdejších staveb, primas židovské obce a jeden z nejbohatších Pražanů Mordechaj Maisel. Byla postavena ve slohu vrcholné renesance jako součást budovy radnice židovského města a její prostory využíval rovněž rabínský soud či představenstvo obce. Proto se jí také říkalo Radniční. Název Vysoká je odvozen od polohy v prvním patře radnice. Ve své historii byla využívána jako soukromá modlitebna židovských konšelů. Nachází se naproti Staronové synagoze, v Červené ulici. V roce 1689 ji poškodil požár a byla opravena ve stylu raného baroka. Na konci 18. století byla svatyně rozšířena o novou, pozdně barokní, přístavbu ženského oddělení a při úpravách interiéru v 80. letech 19. století, prováděných podle projektu J. M. Wertmüllera, došlo k jejímu oddělení od radnice. Ve 2. pol. 20. století pak proběhla několikerá rekonstrukce interiéru.

Dvoupatrová budova synagogy zaujímá v podstatě obdélnou parcelu a její hlavní průčelí je lehce zešikmeno. Raně barokní fasádě dominují tři půlkruhová okna a bohatě profilovaná renesanční korunní římsa. Vlastní prostor modlitebny, sál, prostupující 1. a 2. patrem, má renesanční klenby, zdobené štukováním. Stěny zdobí pilastry s iónskými a korintskými hlavicemi, pocházející z úprav v 80. letech 19. století. Pozornost zaujme raně barokní aron ha-kodeš.

Bohoslužby se tu konaly až do podzimu 1941, pak v ní bylo zřízeno skladiště. Za komunismu zde mělo sídlo Státní židovské muzeu. V letech 1994 - 96 byla synagoga rekonstruována a po téměř padesátileté přestávce slouží od r. 1997 opět jako modlitebna pražské židovské obce a v jejím přízemí je obchod a pokladna Židovského muzea. Synagoga tvoří jeden celek s Židovskou radnicí, kde je i studovna judaismu - midraša.